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      醫(yī)療科技 正文
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      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      本文作者: 李雨晨 2021-02-05 15:00
      導語:2020年底當選NAI Fellow的周少華教授分享了最新的學術(shù)研究成果。

      直到今天,醫(yī)學影像AI的研究和落地,還有多少問題沒有解決?

      任務的復雜多樣、數(shù)據(jù)的非標孤立、標注的稀疏有噪、模型的脆弱不穩(wěn),這些成為醫(yī)學影像AI學者難以回避的問題。而在現(xiàn)實環(huán)境中,AI模型面臨的考驗更為復雜、不確定性更大。

      2020年可以稱之為“醫(yī)療AI商業(yè)化的元年”,已經(jīng)有多款醫(yī)療AI產(chǎn)品獲得官方審批。在人們驚嘆“中國AI速度”的時候、在醫(yī)學影像AI的大規(guī)模商業(yè)化之前,我們?nèi)匀灰潇o思考眼下的問題。

      2021年1月9日,中關(guān)村醫(yī)學人工智能研討會舉行。

      本次研討會由《中國圖象圖形學報》聯(lián)合中國生物醫(yī)學工程學會醫(yī)學人工智能分會共同主辦,中國科學院自動化所田捷教授、華西醫(yī)院副院長龔啟勇教授、中國科學院計算所周少華教授、中國科學院計算所趙地副研究員等分享了在醫(yī)學影像的最新研究與應用進展。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      周少華教授是中科院計算所研究員、香港中文大學(深圳)兼職教授。

      曾獲發(fā)明奧斯卡獎、西門子年度發(fā)明家、馬里蘭大學ECE杰出校友等,任MICCAI協(xié)會財長和理事,曾擔任MICCAI 2020程序聯(lián)席主席,AAAI、CVPR、ICCV、MICCAI和NeurIPS等會議的領(lǐng)域主席。

      雷鋒網(wǎng)了解到,2020年底,周少華教授入選美國國家發(fā)明家科學院(National Academy of Inventors, NAI) Fellow。NAI是一個非政府、非營利性會員組織,成立于2000年。NAI Fellow是該院授予學術(shù)創(chuàng)新發(fā)明家的最高榮譽,旨在表彰對人類生活質(zhì)量、經(jīng)濟發(fā)展和社會福祉影響重大的學術(shù)創(chuàng)新發(fā)明家。

      迄今有1403名Fellows(包括本年度新科Fellows),其中有38名諾貝爾獎獲得者、63名美國國家技術(shù)發(fā)明獎章(U.S. National Medal of Technology and Innovation)和美國國家科學獎章(U.S. National Medal of Science)獲得者、556名美國國家科學院(NAS)、美國國家工程院(NAE)和美國國家醫(yī)學院(NAM)院士、137名美國研究型大學校長或研究機構(gòu)負責人等。

      這些來自世界各地的院士共持有42700余項美國專利,創(chuàng)造了3600萬個就業(yè)崗位和超過22000億美元的收益。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      演講中,周少華教授列舉了醫(yī)學影像AI現(xiàn)階段面臨的七大問題。并且,圍繞深度學習自動化、通用表征學習、學習與知識融合等技術(shù),分享了自己最新的研究思路與應用進展。

      征得周少華教授同意后,我們提供PPT供大家學習和下載。關(guān)注公眾號《醫(yī)健AI掘金志》,對話框回復“周少華”即可獲取。

      以下是周少華教授的演講內(nèi)容,雷鋒網(wǎng)做了不改變原意的修改

      周少華:非常感謝大會的邀請,我會從算法的層面來分享一下醫(yī)學影像AI分析的特點、技術(shù)與趨勢。進行醫(yī)學影像分析和處理,首先要知道醫(yī)學影像有哪些區(qū)別于自然圖像的特點。以下,我從影像、數(shù)據(jù)、疾病、標注、樣本、任務、安全這七個要素來介紹其特點。

      首先,醫(yī)學影像多模高清。常見的影像多模態(tài)包含了X光、CT、核磁、PET-CT、超聲。而且,現(xiàn)在單個模態(tài)(如CT)的圖像精度非常高。精度很高之后,我們就可以利用現(xiàn)有的渲染技術(shù),把影像渲染地像是照相機拍的。當然,這也給GPU訓練帶來了一定的挑戰(zhàn)。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      第二個特點是數(shù)據(jù)非標孤立。醫(yī)學影像的數(shù)據(jù)采集沒有同一標準,不同醫(yī)院、影像科室的采集協(xié)議不太一樣。而且,影像數(shù)據(jù)在不同醫(yī)院之間是不互通的,屬于一個孤島的狀態(tài)。甚至,同一家醫(yī)院不同的科室之間的數(shù)據(jù)也是不互通的。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      此外,醫(yī)學影像是疾病的表征。

      Kahn’s Radiology Gamuts是一個疾病知識庫,定義了大概17000多個條目。每一個條目可以想象成報告里的一個相關(guān)概念,這需要一個很大的知識庫在底層作支撐。因此,要構(gòu)建一個完全意義上的影像診斷系統(tǒng),復雜度巨大。

      而且,像肺結(jié)節(jié)等這樣比較常見的疾病占據(jù)了大量數(shù)據(jù);相反,大量的疾病只有非常少的數(shù)據(jù),整個呈現(xiàn)一個典型的長尾分布。另外,像新冠肺炎這樣的突發(fā)疾病,數(shù)據(jù)采集從一開始就很有難度。總之,疾病長尾突發(fā)。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      從標注層面來看,數(shù)據(jù)的標注也是比較稀少的。我摘取了一些2019年MICCAI競賽組織方提供的標注數(shù)量,有的只有33例;也有貌似很大規(guī)模的數(shù)據(jù)集(32萬例),但確是把64×64的patch作為一個樣本。

      當然,業(yè)界也做出了很多努力,推出一些大型的數(shù)據(jù)集。

      另外,即使是有標注的數(shù)據(jù),標注也通常會有噪聲。(i)上圖可以看出,不同醫(yī)生在標注器官時存在明顯差異。(ii)把這個影像報告作為金標準,從中提取標注信息,也是有問題的。

      有統(tǒng)計數(shù)字表明,15%的報告內(nèi)容并沒有完全準確地描述圖像信息。即使是同一幅圖像讓兩個不同的醫(yī)生來看,可能30%的內(nèi)容是不一致的,這也充分證明標注會有很多噪聲。所以,標注稀疏有噪。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      假設(shè)標注充分且沒有噪聲,實際中又面臨樣本各異不均的問題。

      例如肺結(jié)節(jié)良惡性二分類的問題。左邊是正樣本,右邊是負樣本。可以看到,即使在同一類中,形態(tài)差異非常大。從樣本的比例來看,負樣本的數(shù)量遠大于正樣本,高好幾個數(shù)量級。另外,很多負樣本長得非常像正樣本。

      這些也給我們利用機器學習來進行醫(yī)學影像分析帶來很多困難。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      從任務層面來看,如果想構(gòu)建一個非常大型的AI系統(tǒng),我們可以看一下總共有多少任務。

      這邊展示了幾個典型任務,包括從頭顱骨的X光片里找特征點、基于不同模態(tài)的腦配準、基于乳腺鉬靶來檢測腫瘤、腹部多器官分割、模擬冠脈血流情況。這是五個不同的任務。

      回想一下,醫(yī)學影像有不同的模態(tài)、不同的疾病類型、不同的技術(shù)、如果把這些要素進行排列組合,你會發(fā)現(xiàn)任務復雜多樣

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      另外一個就是醫(yī)學影像的安全性。相比于自然圖像,醫(yī)學圖像更加脆弱和不穩(wěn)定,即安全脆弱不穩(wěn)。

      左邊是剛才展示的頭顱骨X光片,我們設(shè)計了一個特征點檢測的算法。這些綠色的特征點,就是算法檢測到的我們想要的位置。但是,如果在圖像里加上一點干擾,這些特征點的位置就可以被任意操縱。

      在這個例子當中,我們可以把這些特征點操縱成一個字母“M”的形狀,而我們?nèi)搜鄄煊X不到圖像的變化。

      因此,這個算法就處于非常脆弱的狀態(tài),在原圖加上一些不太容易關(guān)注的變化,就會對輸出結(jié)果產(chǎn)生巨大的影響。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      我們也進行了一些定量化研究。假設(shè)對一個醫(yī)學影像進行強度小于一個灰度級別的攻擊,意圖改變輸出的結(jié)果。我們攻擊的目標是讓神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)特征的平均值盡可能降低或增加。

      上圖中展示的一個是眼底圖像,另一個是自然圖像。可以看到,兩者的變化差異非常大。醫(yī)學影像在受到擾動后,很容易就把特征值縮小50%以上,而自然圖像的變化是相對微弱的。隨著網(wǎng)絡(luò)的層數(shù)加深,這個現(xiàn)象進一步加劇,變得越來越不穩(wěn)定了。這也從側(cè)面證明,醫(yī)學影像是一個相對不穩(wěn)定的狀態(tài),很容易受到影響。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      考慮到醫(yī)學影像的這些特點,我們是否可以針對性地設(shè)計算法?

      目前,最火熱的算法是訓練深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),所謂的深度學習。這個算法的假設(shè)條件是:我們有一個單任務,且有大量的標注數(shù)據(jù),即“小任務、大數(shù)據(jù)”。在這個條件下,現(xiàn)在的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)可以做到非常好的效果。

      例如,很多公司在某一類單任務的影像產(chǎn)品上可以真正達到實用級別。但是,這種模式不容易擴展,構(gòu)建不了全面的、滿足影像科醫(yī)生所有任務的系統(tǒng)。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      而實際情況需要我們?nèi)ソ鉀Q“大任務、小數(shù)據(jù)”的問題,即有大量的復雜多樣的任務,每個任務擁有小量的標注數(shù)據(jù)。這給算法研究者提出了新的挑戰(zhàn):我們能否設(shè)計一些新的算法,來達到更好的效果。

      “大任務、小數(shù)據(jù)”是一個非常寬泛的概念,在不同的方向上涌現(xiàn)出了不同類別的趨勢性技術(shù)。今天我主要會介紹深度學習自動化、通用表征學習、學習與知識的融合這三類技術(shù)。

      深度學習自動化

      深度學習自動化的概念,比較容易理解。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      這是一個非常簡單的框架。

      假設(shè)有一個輸入的圖像X,輸出變量Y,中間學習一個神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)f,它的參數(shù)是W。我們會假設(shè)有一堆訓練數(shù)據(jù),就是{(Xi,Yi)}, 然后構(gòu)建一個優(yōu)化問題,定義一些損失函數(shù)或者正則項來學習W。


      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      在這個框架之中,實際上有很多人工的部分(如圖中黃色標識所示)。

      第一個就是,很多 Yi需要標注,標注的數(shù)據(jù)量越大越好。所以,我們的第一個研究就是,能否找到一些標注高效的算法(如自監(jiān)督、半監(jiān)督、弱監(jiān)督學習等方法),減低對標注量的需求

      其次,學習過程本身就是一個優(yōu)化過程,就會有個目標函數(shù)。所以我們要提出這么一個損失函數(shù)、正則項,這些也是人為來定義的。現(xiàn)在,也有研究提出,讓目標函數(shù)通過學習的方法,更明確地符合所提出的問題。

      另外,就是網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的問題。現(xiàn)在很多做法是,直接拿一個現(xiàn)有的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進行訓練,沒有仔細地調(diào)整結(jié)構(gòu)。所以,我們需要研究,針對具體,是否存在最適合于這個問題的結(jié)構(gòu)。目前的方法包括網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)搜索和元學習。

      還有一個大家容易忽略的點在于表達方面。因為X已經(jīng)給定了它的表達,但是Y可以引入不同的表達。不同的表達也有講究,因為這會影響到訓練本身,主要在于計算梯度回傳時,它的大小是不一樣的;而梯度回傳的容易程度是訓練神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)時最重要的指標。所以,我們希望找到一個好的Y的表達,能夠更好地實現(xiàn)梯度回傳。

      輸出表達

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      我們先看一個表達方面的例子:設(shè)計一個通用型的腫瘤檢測的方案。一般對此類檢測問題,我們會使用Bounding Box (BBox),二維的BBox有四個參數(shù),即中心點和長寬。你也可以訓練一個神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)來尋找方框,但這個方框的表達在梯度回傳時是非常低效的。因為它是由四個參數(shù)的差異,來控制了一個可能包含幾百萬個參數(shù)的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)訓練,所以它不是很高效。

      基于此,我們提出了Bounding Map(BMap)的概念,把一個原本是四個參數(shù)的方框變成了一個圖像式的表達。這樣做的好處在于,每一個像素點都可以回傳一個有指導性的梯度信息。所以,梯度信息就更豐富,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)會學習得更好。

      我們做了三種方框表達常用方法的比較。在運用了我們的新表達之后,性能有比較大的提升。

      自監(jiān)督

      接下來介紹一下自監(jiān)督的概念。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      在實際中,我們可能只有少量的標注數(shù)據(jù),卻有大量的無標注數(shù)據(jù)。所以,一個直觀的想法是:我們是否可以利用這些沒有標注的數(shù)據(jù),來幫助目標任務或者目標模型的訓練。這個就是自監(jiān)督的出發(fā)點。

      我們要做的,就是去定義一個proxy task(代理任務),這個任務產(chǎn)生監(jiān)督信號。利用這個監(jiān)督信號,我們可以訓練一個神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),得到一個預訓練的模型。由于我們有大量未標注過的數(shù)據(jù),而通常神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)訓練中見到的數(shù)據(jù)量越大,其學到的表征就會越魯棒。

      代理任務的設(shè)計就成為了一個研究的課題。我們可以去設(shè)計不同的代理任務。如果設(shè)計的好,就可以學到非常好的網(wǎng)絡(luò)表征。

      接下來,我們利用目標任務的少量已標注數(shù)據(jù),把預訓練模型通過遷移學習的方法得到最終的目標模型。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      我們在這個方面也做了一些探索。

      我們定義了一個“魔方復原”的任務,你可以想象成把一個三維的影像分為8塊(2×2×2)。訓練中,你可以像魔方一樣打亂它,但任何一個圖像的打亂過程都是已知的,我們可以通過訓練神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)去復原魔方。

      在復原過程當中,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)就學到了圖像本身的表征,然后再把它遷移到目標任務上。上面是我們的最后得到的效果。對比只利用標注數(shù)據(jù)從頭訓練的方式,我們的自監(jiān)督方法在腦卒中分類、腦腫瘤分割等任務上的提升是顯而易見的。當然,前提是我們有少量的有標注數(shù)據(jù)和大量的無標注數(shù)據(jù)。

      顯然,代理任務和目標任務的效果是相關(guān)的。目前,很多同行學者們嘗試提出了不同的代理任務。我們探索了另一種可能,不提出新的代理任務,而是將目前已有的代理任務進行融合,看看結(jié)果是否會做的更好。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      我們的直覺也很簡單:經(jīng)過訓練之后,每個代理任務應該是找到特征空間的一部分,目標任務很可能占據(jù)了特征空間的另外一部分。如果代理任務完全覆蓋了目標任務想要的特征空間,這個效果就會比較好。

      因此,如果每個代理任務得到的特征空間相似度越小、互補性越強,通過融合后,它們覆蓋的空間就越大,對目標任務的幫助也越大。

      我們就據(jù)此設(shè)計了算法,去尋找這些互補的代理任務。上面圖中,我們發(fā)現(xiàn),在六個不同的代理任務中,其中三個任務是非常互補的。如果我把這三個任務融合起來,在這個物體識別實驗上的性能可以提高到接近80%。回到剛才腦卒中的問題,在融合了兩個代理任務后,性能提高到了90%以上。

      部分監(jiān)督中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      標注高效的另外一個例子是部分監(jiān)督。

      以器官分割舉例,目前存在很多不同的數(shù)據(jù)集,分別提供不同器官的分割標注。例如這里有五個不同的數(shù)據(jù)集,分別針對肝臟、腎臟、脾臟、胰腺等。如果能夠整合這五個不同的的數(shù)據(jù)集,以此來擴大數(shù)據(jù)量,并融合所有數(shù)據(jù)集里的標注信息,是非常有意義的。

      我們的做法很簡單:訓練一個分割網(wǎng)絡(luò),對每一個像素點進行多分類,即分成六類:肝臟、胰腺、脾臟,左右腎,還有背景。因此,每個像素都會輸出一個六維的向量,代表是屬于哪一個類別的概率(從p0到p5)。

      對于只有肝臟標注的數(shù)據(jù),p1代表肝臟,而“背景”則是變成了原先背景與其他器官的融合,因為所有的非肝臟像素點都是背景,背景的概率變成了五個概率的相加,即邊緣概率。在這個條件下,我們就可以在損失函數(shù)里面使用邊緣概率。通過這個機制,就可以利用所有的標注數(shù)據(jù)進行六分類網(wǎng)絡(luò)訓練,有效地把這些數(shù)據(jù)融合在一起。

      同時,在這個文章里我們也提出了一個exclusion loss,利用一個非常顯著的先驗知識:這些器官之間是一定不相交的。

      例如,回到剛才只有肝臟標注的數(shù)據(jù),我也可以計算p2(胰腺)來預測胰腺區(qū)域,而胰腺區(qū)域一定是不能跟p1代表的肝臟區(qū)域是有交叉的。

      所以,基于此可以設(shè)計一個損失函數(shù),讓這兩個區(qū)域的exclusion要越小越好。

      利用這兩個損失函數(shù)訓練的結(jié)果如上。實驗中有30個數(shù)據(jù)是有全標注的,基于這些數(shù)據(jù)進行測試,得到的分割Dice系數(shù)是0.87。針對只有單器官標注的數(shù)據(jù)訓練二分類的分割網(wǎng)絡(luò),

      它的Dice沒有這么高,只有0.85。通過我們的融合方法,進行一個部分監(jiān)督的訓練,利用了總共所有688個數(shù)據(jù),我們模型的Dice達到了0.93。

      所以,我們通過一個非常簡單的想法,就可以有效地把這個數(shù)據(jù)融合在一起,提升了分割的性能。

      無標注分割


      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      最近,我們還進行了一個比較“極端”的探索:在沒有任何標注的條件下,也可以進行基于CT的新冠肺炎病灶分割。

      我們的出發(fā)點是:不使用新冠肺炎病灶的分割標注,但是利用很多沒有任何疾病的CT圖像。

      利用這些正常圖,添加一些“人造病灶”。如果這些病灶與新冠病灶類似,我們就可以對病灶分割進行學習。因此,我們設(shè)計了一個人造的病灶生成器,該生成器的所有參數(shù)是由人工調(diào)控的。然后把“人造病灶”注入干凈的圖像里,就得到了訓練樣本,進而訓練出一個分割網(wǎng)絡(luò)。

      與我們的方法對比的是Anomaly Detection(基于正常的圖像來訓練,從而檢測是不是有異常)。

      Anomaly Detection在分割上不是很擅長,性能較低,在三個不同新冠數(shù)據(jù)集的Dice系數(shù)只有0.3左右;而我們的USL方法達到了60%以上,接近70%。 Inf-Net是一個半監(jiān)督的方法,分割性能與我們相近。當然,以上方法得到的分割Dice系數(shù)在臨床上遠沒有達到應用的標準。但是,從研究角度來看,是一個非常有意思的探索。

      通用表征學習

      通用表征學習,意在學習一個通用的表征來綜合異質(zhì)任務、擬合多域數(shù)據(jù)、耦合不同表達,她更符合“大任務、小數(shù)據(jù)”的思路。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      目前我們的一個探索也是基于分割網(wǎng)絡(luò),意圖設(shè)計了一個分割網(wǎng)絡(luò),可以適用于六個不同的分割任務:輸入是CT圖像,要求輸出是肝臟分割;輸入是MRI圖像,要求輸出是前列腺分割,諸如此類。

      我們采用的架構(gòu)本身是通用的U-Net,但是對不同的任務引入了紫色的Adapter;

      就是說,每一個任務會利用到通用網(wǎng)絡(luò)本身的這些系數(shù),也會利用到自帶的adapter部分系數(shù),共同組成了神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。這么做得的好處在于,利用一個網(wǎng)絡(luò),完成六個網(wǎng)絡(luò)的事情。網(wǎng)絡(luò)的參數(shù)量明顯減少:我們用了原先網(wǎng)絡(luò)接近1%的參數(shù)量,達到了與六個網(wǎng)絡(luò)類似的分割性能。

      另一個優(yōu)勢在于,網(wǎng)絡(luò)的通用部分很容易自適應到一個新任務上。如果我們遇到第七個任務,我們只需要把通用的部門固定住,針對第七個任務的差異化表征進行微調(diào),就可以得到非常有競爭力的分割結(jié)果。

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      這是另一個通用表征的例子,應用在MR的影像生成。

      從X到Y(jié),我們可以設(shè)計一個神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),用F來代表,Y=F(X)。通常情況下,我們也會設(shè)計一個逆網(wǎng)絡(luò):X= F-1(Y),這樣就可以從Y回到X。這是一個比較重要的過程,因為引入一個回路,通過回路可以定義cycle consistency。

      在此基礎(chǔ)上,我們提出了一個非常簡單的想法:不是訓練兩個不同的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),一個正網(wǎng)絡(luò),一個逆網(wǎng)絡(luò),而是只訓練一個神經(jīng)網(wǎng)絡(luò); 也就是說,兩個網(wǎng)絡(luò)是互為自逆的。

      訓練過程也比較簡單:第一次拿X作為輸入,訓練網(wǎng)絡(luò)輸出Y。第二次拿Y作為輸入,反過來輸出X。我們在這個MR的影像生成任務上達到了很好的效果,把信噪比提升了3dB左右,這個效果相當驚人。

      這也是一個通用表征的例子,因為我們用了一個表征完成了兩件事情。

      學習與知識融合

      中科院周少華教授:對于深度學習自動化、通用表征學習等技術(shù),我有哪些研究心得?

      最后,再介紹一下學習與知識融合。

      我們知道,醫(yī)學影像有很多數(shù)據(jù),可以通過機器學習(特別是深度學習)來建模。同時,醫(yī)學影像有很多知識,我們也可以直接通過對知識進行建模。因此,將學習與知識進行融合,其效果比僅僅基于大數(shù)據(jù)的機器學習要好。

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      在實踐中,我也經(jīng)常觀察到其提升了性能。下面舉例說明。

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      這是一個胸片自動診斷的例子。

      一般方法是訓練一個‘黑盒’神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)直接預測診斷結(jié)果。我們研究了一個方法,利用解剖結(jié)構(gòu)分解的知識來提高性能,這也是我們跟臨床醫(yī)生交流之后了解到的。

      看胸片進行診斷時,你會觀察到肋骨可能會遮擋了肺部,妨礙診斷。因此,我們設(shè)計了一個分解網(wǎng)絡(luò)把X光片一分為三:骨頭投影、肺部投影、其他投影,然后和原圖一起輸入神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進行肺部疾病的自動診斷。這么做,可以從中間的肺部投影圖中獲取到很多更準確的診斷信息。實驗結(jié)果表明,在14類疾病中,有11類疾病診斷預測都做得更好,而這11類疾病大多是和肺部直接相關(guān)的。

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      第二個例子是無配對的偽影去除:給神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)一個有偽影的圖,通過學習的方法把偽影消除。

      這是我們網(wǎng)絡(luò)的設(shè)計,里面就像是樂高一樣進行模塊搭建,搭建過程中就用到了很多知識。最終,網(wǎng)絡(luò)也可以成功地分離出偽影,利用知識后搭建的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),比一般黑盒的方法要提高不少性能。

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      另外一個例子,醫(yī)學影像的層內(nèi)精度比較高,但是層間精度不太高,很多層間信息會模糊。

      如果是一個常規(guī)CT、層間精度不夠高的脊柱圖像,進行渲染之后,哪怕是骨骼都看不太清楚。

      我們最近嘗試進行了層間插值的工作,可以有效恢復層間的信息,更有利于診斷(效果如上圖)。算法本身用到了圖像精度方面的具體知識,因此我們也將其視為“學習與知識融合”的例子來展示。具體算法細節(jié)請參照發(fā)表的文章。

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      總結(jié)一下,我們分析了醫(yī)學影像的七大特點,以及圍繞這七大特點,我們提出的相應算法趨勢。

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      最近,我們也寫了一篇綜述文章,也被Proceedings of IEEE接收。

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      最后,介紹一下MONAI。

      MONAI是完全開源的社區(qū),可以為醫(yī)學影像分析的研究者提供深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方面的資源,由專門的團隊來打造、測試這個軟件,因此軟件的可靠性非常高。


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      我也是MONAI項目的顧問,我們會提出很多的這些需求,也希望大家可以來使用MONAI。雷鋒網(wǎng)

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