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| 本文作者： 任平 | 2023-02-22 16:05 |
人們普遍認(rèn)為，人工智能曾經(jīng)歷過兩次熱潮，現(xiàn)在迎來了第三次熱潮。
1956年8月，在美國漢諾斯小鎮(zhèn)的一所學(xué)府中，十位來自數(shù)學(xué)系、計算機(jī)系、物理系的學(xué)者和湊在一起，討論著一個完全不食人間煙火的主題：用機(jī)器來模仿人類智能。
會議足足開了兩個月的時間，雖然大家沒有達(dá)成普遍的共識，卻為會議討論的內(nèi)容起了一個名字：人工智能。
因此，1956年也就成為了人工智能元年。
此后的十幾年里，關(guān)于這項創(chuàng)新技術(shù)的討論不止不休，科學(xué)家們卻窘然發(fā)現(xiàn)，這一技術(shù)最終只能解決拼圖以及一些簡單的游戲。甚至不少人戲謔人工智能的命名者John McCarthy，“他只能聊，沒干貨。”
20世紀(jì)70年代，人工智能陷入低潮。如今半個世紀(jì)過去，人工智能技術(shù)在1980年代和2010年代兩度掀起熱浪，又兩度遇冷漸熄。不少學(xué)者直言：“坐上了學(xué)術(shù)冷板凳，就要耐得住寂寞。”
實際上，如果仔細(xì)比對這段歷史會發(fā)現(xiàn)，幾乎每一次浪潮興衰都關(guān)乎同一命題：“人工智能”能否帶來實用性成果。
在決定人類前途命運的生命科學(xué)領(lǐng)域，這一問題尤為迫切。
幸運的是，這兩年來，這一領(lǐng)域終于有了實質(zhì)性突破：
2020年11月，DeepMind開發(fā)的AlphaFold2，預(yù)測出了2億多蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)宇宙，生物計算技術(shù)達(dá)到了人類利用傳統(tǒng)實驗技術(shù)的預(yù)測水平。
2021年10月，DeepMind又推出AlphaFold-Multimer，用于蛋白質(zhì)復(fù)合物的預(yù)測，特別是對結(jié)合界面結(jié)構(gòu)的預(yù)測，可以預(yù)測多達(dá)幾千個殘基的復(fù)合物。
2022年11月，在素有生物計算領(lǐng)域“奧運會”之稱的CASP15賽上，首設(shè)蛋白質(zhì)復(fù)合體預(yù)測、RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測兩大賽道，華人團(tuán)隊表現(xiàn)亮眼。
諸如：
成立于2021年4月的智峪生科，熊鵬、王晟帶隊獲RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測第一名；
江蘇理工學(xué)院生物信息與醫(yī)藥工程研究所所長常珊，帶隊獲蛋白質(zhì)-小分子配體復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測組第一名；
浙江工業(yè)大學(xué)信息工程學(xué)院教授張貴軍教授，帶隊獲準(zhǔn)確性賽道復(fù)合物接觸殘基精度評估第一名；
山東大學(xué)數(shù)學(xué)與交叉科學(xué)研究中心楊建益教授，帶隊獲蛋白質(zhì)單體結(jié)構(gòu)預(yù)測組第一名；
密歇根大學(xué)計算醫(yī)學(xué)和生物信息學(xué)系博士后研究員鄭偉，獲蛋白質(zhì)單體單結(jié)構(gòu)域、蛋白質(zhì)單體多結(jié)構(gòu)域、蛋白質(zhì)復(fù)合體結(jié)構(gòu)預(yù)測類別等賽項第一名。
如果說以上戰(zhàn)績還僅僅停留在“發(fā)現(xiàn)”層面，那么近期蛋白質(zhì)設(shè)計技術(shù)“狂飆”，則直接進(jìn)入到“發(fā)明”階段。
去年12月1日，華盛頓大學(xué)David Baker團(tuán)隊發(fā)布了RFDiffusion、同日波士頓蛋白質(zhì)設(shè)計公司Generate Biomedicines發(fā)布了擴(kuò)散蛋白生成模型Chroma、同月Meta發(fā)布基于150億參數(shù)的ESM2語言模型。今年年初，加州伯克利一家初創(chuàng)公司Profluent采用類似ChatGPT的蛋白質(zhì)工程深度學(xué)習(xí)語言模型——Progen，最近國內(nèi)天壤團(tuán)隊也自研了一款擴(kuò)散模型TRDiffusion，多種人工設(shè)計的非天然蛋白質(zhì)已進(jìn)入實驗驗證階段。
這不難讓人想到，日前結(jié)束的第41屆JP摩根醫(yī)療健康大會上，科技公司Nvidia的報告指出，“或許很快，基于AlphaFold2精準(zhǔn)解析蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，再加上能從頭生成人工蛋白質(zhì)設(shè)計技術(shù)，就會給生物學(xué)領(lǐng)域帶來一場新的變革。”
回顧往昔，人工智能再不是“陽春白雪”的代名詞，科學(xué)技術(shù)要“接地氣”，而不久的將來，每個人都將成為這場產(chǎn)業(yè)變革的見證者。
為了更加深入、系統(tǒng)地討論生命科學(xué)技術(shù)的落地，2月23日（本周四20：00），我們將舉辦主題為《生物計算“奧賽”四大冠軍團(tuán)隊：當(dāng)生命科學(xué)遇上史詩級AI，何去何從？》的線上圓桌論壇。
智峪生科董事長，CEO王晟擔(dān)任主持、密歇根大學(xué)計算醫(yī)學(xué)及生物信息學(xué)系鄭偉、浙江工業(yè)大學(xué)信息工程學(xué)院張貴軍教授、江蘇理工學(xué)院生物信息與醫(yī)藥工程研究所常珊教授、智峪生科CTO熊鵬共同參與討論。
讀者可掃描文章底部海報的二維碼，添加策劃人吳彤微信（微信號：icedagunaing），備注“姓名+職位”，后續(xù)我們會邀請您進(jìn)入專家社群，并將您的問題收集、匯總，反饋給參會嘉賓，在討論環(huán)節(jié)進(jìn)行解答。
主持人：上海智峪生科CEO，王晟
現(xiàn)任上海智峪生科CEO。
王晟博士擁有近20年蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究及算法開發(fā)經(jīng)驗，本科畢業(yè)于上海交通大學(xué)生命科學(xué)院，并在中科院理論物理所獲得博士學(xué)位，博士后研究師從芝加哥豐田計算技術(shù)研究所教授許錦波，作為核心開發(fā)者開發(fā)出RaptorX-Contact方法。該方法的蛋白質(zhì)預(yù)測精度最高達(dá)到80%。2022年5月，王晟正式加入智峪生科擔(dān)任CEO，此前他是騰訊AILab的高級研究專家，主導(dǎo)開發(fā)了tFold工具。
王晟博士在國際知名期刊上發(fā)表論文60 多篇，會議論文近30篇，包括計算生物的知名會議ISMB、RECOMB、ECCB等，以及計算機(jī)視覺/機(jī)器學(xué)習(xí)領(lǐng)域知名會議CVPR、AAAI等 。Google Scholar引用接近5000次，H-index為28。憑借在生物信息技術(shù)與合成生物學(xué)領(lǐng)域的成就，入選美國斯坦福大學(xué)發(fā)布2021年度“全球前2%頂尖科學(xué)家榜單”。
江蘇理工學(xué)院生物信息與醫(yī)藥工程研究所，常珊
江蘇理工學(xué)院生物信息與醫(yī)藥工程研究所所長，教授，碩導(dǎo)、江蘇省生物信息學(xué)專業(yè)委員會委員、美國密蘇里大學(xué)哥倫比亞分校博士后、江蘇省生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)會教育與科普專委會委員、《數(shù)據(jù)采集與處理》第七屆編委會委員、CASP15中獲蛋白質(zhì)-小分子配體復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測組第一名。
常珊教授主要研究方向為人工智能輔助藥物設(shè)計、機(jī)器學(xué)習(xí)、高性能計算和分子識別、腦機(jī)接口和穿戴式智能設(shè)備等。
曾多次參加由歐洲分子生物學(xué)實驗室和歐洲生物信息研究所發(fā)起的國際生物大分子相互作用預(yù)測競賽（CAPRI），排名位居國際前列。在國內(nèi)外期刊及會議上發(fā)表學(xué)術(shù)論文120余篇，被SCI檢索90篇，EI檢索30篇，Googlescholar引用超過1400次，H指數(shù)為21，獲得軟件著作權(quán)15項，申請發(fā)明專利33項(授權(quán)9項)，參與出版專著3部，譯著1部。主持國家自然科學(xué)基金等各類項目十余項。
密歇根大學(xué)計算醫(yī)學(xué)和生物信息學(xué)系博士后研究員，鄭偉
密歇根大學(xué)計算醫(yī)學(xué)和生物信息學(xué)系博士后研究員，CASP15中獲蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測等賽項第一名。
鄭偉博士本碩博畢業(yè)于南開大學(xué)，先后師從胡剛教授，阮吉壽教授，學(xué)習(xí)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)基礎(chǔ)。2015年后，博士最后兩年，在密西根大學(xué)張陽教授實驗室進(jìn)行訪問交流，2017年博士畢業(yè)后在密西根大學(xué)張陽教授實驗室，繼續(xù)從事AI輔助蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測等相關(guān)研究。
鄭偉博士主要研究興趣涉及蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測、蛋白質(zhì)功能注釋。其主導(dǎo)開發(fā)的C-I-TASSER、C-QUARK、D-I-TASSER、DMFold-Multimer等算法相繼在第13、14、15屆世界蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測大賽（既CASP）中多次獲得多項賽事第一名。基于這些算法構(gòu)建的在線服務(wù)器，已為世界100多個國家6萬多用戶提供過關(guān)于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)方面的服務(wù)。
鄭偉博士在Nature Communications、PNAS、Science Advances、Nucleic Acids Research、Bioinformatics，Briefings in Bioinformatics等SCI期刊發(fā)表論文50多篇。Google Scholar引用接近1700次，H-index為21。
浙江工業(yè)大學(xué)信息工程學(xué)院，張貴軍教授
浙江工業(yè)大學(xué)信息工程學(xué)院教授，博士生導(dǎo)師，浙江省高等學(xué)校中青年學(xué)科帶頭人，浙江省生物信息學(xué)學(xué)會秘書長、理事，浙江省生物信息學(xué)學(xué)會人工智能專委會主任，CASP15中獲準(zhǔn)確性賽道復(fù)合物接觸殘基精度評估第一名。
張貴軍教授本碩畢業(yè)于太原理工大學(xué)，2004年獲上海交通大學(xué)獲博士學(xué)位，2004年至今在浙江工業(yè)大學(xué)信息工程學(xué)院任教。目前主要研究方向為結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)、人工智能與計算智能。
近5年來，主持科技部科技創(chuàng)新2030-“新一代人工智能”重大項目課題2項、國家重點研發(fā)項目子課題1項、國家自然科學(xué)基金項目2項、浙江省自然科學(xué)基金重點項目1項；第一作者（含通訊作者）在PNAS、Communications Biology、Nucleic Acids Research、Bioinformatics、BIB、JCIM等生物信息學(xué)期刊，TEVC、TCYB、TCBB、TNB等IEEE匯刊上發(fā)表研究論文50多篇；授權(quán)發(fā)明專利近100項，其中專利轉(zhuǎn)化10項；獲得中國自動化學(xué)會自然科學(xué)二等獎1項；帶領(lǐng)課題組開發(fā)了SADA系列、PAthreader、DeepUMQA系列、MMPred、SNfold、DomBPred、MPDB等服務(wù)器、數(shù)據(jù)庫及工具軟件20余項。
智峪生科技CTO，熊鵬
智峪生科技聯(lián)合創(chuàng)始人，CASP15中獲RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測組第一名。
熊鵬博士2009年本科畢業(yè)于中國科大，并于2015年取得中國科大博士學(xué)位，之后分別在美國密歇根大學(xué)，中國科大以及澳大利亞格里菲斯大學(xué)從事博士后和研究員工作，目前任職于上海智峪生物科技有限公司。
熊鵬博士主要從事計算生物學(xué)研究，其開發(fā)的基于統(tǒng)計能量的蛋白質(zhì)設(shè)計方法ABACUS，經(jīng)廣泛實驗驗證，可用于蛋白質(zhì)從頭設(shè)計以及穩(wěn)定性改造；其建立的RNA統(tǒng)計力場BRiQ，在RNA高精度結(jié)構(gòu)優(yōu)化領(lǐng)域達(dá)到國際先進(jìn)水平。
主題：當(dāng)生命科學(xué)遇上史詩級AI，何去何從？
時間：2月23日（周四），北京時間20:00-22:00
主辦單位：雷峰網(wǎng)(公眾號：雷峰網(wǎng)) GAIR Live &《醫(yī)健AI掘金志》
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