管軼新證據(jù)再次指向穿山甲！與新冠病毒氨基酸相似度達(dá) 97.4%

本文作者：付靜

2020-02-20 16:03

導(dǎo)語：穿山甲是新冠病毒潛在宿主添新證。

新冠病毒潛在中間宿主的矛頭已經(jīng)不是第一次指向穿山甲了！

2020 年 2 月 7 日，華南農(nóng)業(yè)大學(xué)針對(duì)新型冠狀病毒肺炎疫情研究攻關(guān)情況舉行了新聞發(fā)布會(huì)。華南農(nóng)業(yè)大學(xué)、嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實(shí)驗(yàn)室教授沈永義、肖立華等科研人員會(huì)上表示，穿山甲可能為新冠肺炎的潛在中間宿主。

而近日頂尖病毒學(xué)家管軼領(lǐng)銜的研究，成為穿山甲是中間宿主的又一力證——2020 年 2 月 18 日，香港大學(xué)管軼團(tuán)隊(duì)與廣西醫(yī)科大學(xué)胡艷玲團(tuán)隊(duì)的名為《中國南方馬來亞穿山甲中 2019-Ncov 相關(guān)冠狀病毒的鑒定》（Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China）的論文在預(yù)印本網(wǎng)站 bioRxiv 上發(fā)表。

管軼新證據(jù)再次指向穿山甲！與新冠病毒氨基酸相似度達(dá) 97.4%

【圖片來源：bioRxiv 所有者：bioRxiv 】

三批穿山甲樣本的分析與研究

實(shí)際上，在所有哺乳動(dòng)物中，穿山甲的非法販運(yùn)次數(shù)是最多的。它們既被用作食物來源，也被用于中醫(yī)藥。在世界自然保護(hù)聯(lián)盟的瀕危物種紅色名錄上，許多穿山甲物種現(xiàn)在被認(rèn)定為是極度瀕危的。因此，管軼團(tuán)隊(duì)從被走私的穿山甲中著手調(diào)查。

具體來講，研究團(tuán)隊(duì)對(duì)三批穿山甲樣本進(jìn)行了分析與研究（樣本中還包括穿山甲“藥材”）。

首先，團(tuán)隊(duì)收集了 2017 年 8 月-2018 年 1 月廣西海關(guān)在反走私行動(dòng)中查獲的 18 個(gè)冷凍穿山甲的（肺，腸，血液）等 43 個(gè)組織樣品。

RNA 高通量測(cè)序顯示，43 個(gè)樣本中有 6 個(gè)存在冠狀病毒：2 個(gè)在肺，2 個(gè)在腸，1 個(gè)是肺腸混合物中，1 個(gè)是血液中。

據(jù)悉，使用腸-肺混合樣本，能夠使用 Vero-E6 細(xì)胞系分離出一種新的乙型冠狀病毒屬。

同時(shí)，利用序列讀取數(shù)據(jù)，并通過用擴(kuò)增子測(cè)序填補(bǔ)缺口，團(tuán)隊(duì)在系統(tǒng)發(fā)育分析中獲得了 6 個(gè)完整或接近完整的基因組序列——表示為 GX/P1E、GX/P2V、GX/P3B、GX/P4L、GX/P5E 和 GX/P5L——它們屬于 2019-Ncov 譜系（圖 A）。這些病毒具有與 2019-Ncov 相似的基因組組織，具有 9 個(gè)預(yù)測(cè)的開放閱讀框（圖 B）。

管軼新證據(jù)再次指向穿山甲！與新冠病毒氨基酸相似度達(dá) 97.4%

接著，研究團(tuán)隊(duì)對(duì) 2018 年 5-7 月間的一批穿山甲樣品進(jìn)行了進(jìn)一步 qPCR 檢測(cè)，發(fā)現(xiàn) 12 只穿山甲的 19 個(gè)樣本（9 個(gè)腸組織，10 個(gè)肺組織）中，3 個(gè)肺組織樣本呈冠狀病毒陽性。因此，兩批穿山甲樣本中的冠狀病毒一致。

最后，管軼團(tuán)隊(duì)聯(lián)系了廣州海關(guān)技術(shù)中心，中心重新檢測(cè)了他們?cè)?2019 年 3 月反走私行動(dòng)中查獲的 5 個(gè)歸檔穿山甲樣品（包含 2 個(gè)皮膚拭子，1 個(gè)不明組織，1 個(gè)鱗片），這些樣本中同樣發(fā)現(xiàn)了冠狀病毒。

樣本中的冠狀病毒屬新冠病毒的兩個(gè)亞型

基于此，研究團(tuán)隊(duì)生成了占全長(zhǎng)病毒基因組 86.3% 的部分基因組序列，進(jìn)而發(fā)現(xiàn)：在穿山甲樣本中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒基因組，與本次的新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）基因組相似率為 85.5％-92.4％，屬于此次新冠病毒的兩個(gè)亞型，其中一個(gè)受體結(jié)合域（GD/P1L 和 GD/P2S）與新冠病毒密切相關(guān)。

雷鋒網(wǎng)了解到，新型冠狀病毒屬于 β 冠狀病毒屬的 Sarbecovirus 亞屬，而早前 Sarbecovirus 亞屬的冠狀病毒成員經(jīng)歷了廣泛的基因重組。

管軼團(tuán)隊(duì)的進(jìn)一步分析結(jié)果顯示，蝠冠狀病毒 ZC45 和 ZCS21 包含多個(gè) SARS-CoV 相關(guān)譜系（基因組區(qū)域 2、5、7）和新冠病毒相關(guān)譜系（包括此次穿山甲中發(fā)現(xiàn)的病毒譜系）的基因組片段（區(qū)域 1、3、4、6、8）。

而更重要的是，團(tuán)隊(duì)在穿山甲冠狀病毒、蝙蝠冠狀病毒 RaTG13 和新冠病毒之間觀察到了推測(cè)的重組信號(hào)，特別是新冠病毒與廣東穿山甲冠狀病毒的受體結(jié)合域的氨基酸序列相似性高達(dá) 97.4%。盡管新冠病毒在病毒基因組的其余部分與蝙蝠冠狀病毒最相關(guān)，但蝙蝠冠狀病毒 RaTG 與其受體結(jié)合域的氨基酸相似度僅 89.2％。

同時(shí)，在共享氨基酸方面，廣東穿山甲冠狀病毒和新冠病毒在病毒受體區(qū)域的 5 個(gè)關(guān)鍵殘基（如下圖紅框部分）上共享氨基酸，而蝙蝠冠狀病毒只與新冠病毒共享一個(gè)氨基酸。

管軼新證據(jù)再次指向穿山甲！與新冠病毒氨基酸相似度達(dá) 97.4%

另外，系統(tǒng)發(fā)育分析表明，廣東穿山甲冠狀病毒并非新冠病毒的最接近親緣關(guān)系。

因此，雖然當(dāng)前無法給出確切結(jié)論，但研究團(tuán)隊(duì)推測(cè)，廣東穿山甲冠狀病毒與新冠病毒之間的氨基酸相似性可能是由于趨同進(jìn)化，并非由重組引起，同時(shí)這也進(jìn)一步證明了中間動(dòng)物宿主對(duì)人類病毒出現(xiàn)所起的作用（這也破解了此前的“人造病毒”陰謀論）。

管軼新證據(jù)再次指向穿山甲！與新冠病毒氨基酸相似度達(dá) 97.4%

除蝙蝠外唯一被新冠病毒感染的哺乳動(dòng)物

雷鋒網(wǎng)了解到，穿山甲是截至目前除蝙蝠外唯一被新冠病毒感染的哺乳動(dòng)物。而在穿山甲中發(fā)現(xiàn)了 2 個(gè)冠狀病毒譜系，且冠狀病毒譜系都與新冠病毒有關(guān)，自然就表明穿山甲很可能是新冠病毒的長(zhǎng)期宿主。

但論文也提到了另一種可能性——穿山甲獨(dú)立于蝙蝠或其他動(dòng)物宿主，獲得了新冠病毒相關(guān)的病毒。而這個(gè)推論在很大程度上也與穿山甲的來源有關(guān)——上述穿山甲樣本大多來自東南亞，穿山甲所攜帶的病毒多樣性可以說是神秘莫測(cè)。

實(shí)際上，正如研究團(tuán)隊(duì)所強(qiáng)調(diào)：

冠狀病毒，包括與新冠病毒有關(guān)的病毒，在亞洲的許多野生哺乳動(dòng)物中都明顯存在。

因此，對(duì)于穿山甲傳播病毒的流行病學(xué)、致病性、種間傳染性和傳播性等，還需進(jìn)一步研究和調(diào)查。但不可否認(rèn)的是，這項(xiàng)研究再次為新冠病毒中間宿主的研究指出了方向。

關(guān)于管軼

這篇論文的通訊作者之一便是管軼。

管軼新證據(jù)再次指向穿山甲！與新冠病毒氨基酸相似度達(dá) 97.4%

【雷鋒網(wǎng)注：管軼及其團(tuán)隊(duì)，圖源百度百科】

實(shí)際上，管軼是一名醫(yī)學(xué)微生物學(xué)專家，英國皇家醫(yī)學(xué)院外籍院士，香港大學(xué)于崇光基金教授席（病毒學(xué)）、新發(fā)病毒性疾病學(xué)講座教授，香港大學(xué)新發(fā)傳染性疾病國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任、香港大學(xué)流感研究中心主任，汕頭大學(xué)·香港大學(xué)聯(lián)合病毒學(xué)研究所所長(zhǎng)、粵港新發(fā)傳染病聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室主任。

2003 年，管軼團(tuán)隊(duì)率先分離出 SARS 病毒，并證實(shí)了果子貍是 SARS 的中間宿主，也是人類感染 SARS 的直接來源，之后他和鐘南山院士一起上報(bào)，廣東開始清除市場(chǎng)上的果子貍，有效遏制了 SARS 疫情。

2017 年，因“以防控人感染 H7N9 禽流感為代表的新發(fā)傳染病防治體系長(zhǎng)大創(chuàng)新和技術(shù)突破”，管軼與李蘭娟院士、高福院士、袁國勇教授等人一起榮獲年度國家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步特等獎(jiǎng)。

2020 年這場(chǎng)肆虐的疫情開始之際（1 月 15 日），管軼接受采訪時(shí)表示：

冠狀病毒最長(zhǎng)潛伏期是 15 天，而自 1 月 3 日后，內(nèi)地?zé)o新增傳染病例，可以判斷此次疫情已經(jīng)得到控制。從目前看，病患癥狀不重，即使有人傳人，也非常有限。傳染源清楚了，疫情也控制住了，我們已經(jīng)可以看到勝利的曙光，相信民眾可以過個(gè)好年。

不過，在 2020 年 1 月 23 日，管軼接受財(cái)新網(wǎng)采訪時(shí)又說：